Le soutien de Sophia Chikirou au journaliste Claude El Khal et sa prise de position, refusant de montrer des images de la bataille de la Ghouta orientale en Syrie, lui vaut diverses critiques23 pour cette « ligne éditoriale que de nombreux journalistes ont jugée insultante pour les reporters de guerre qui risquent leur vie pour obtenir des clichés sourcés »24, si bien que l’AFP a publié une tribune pour contredire l’affirmation selon laquelle les images ne pourraient pas être vérifiées25. Cette polémique permet à Antoine Hasday, journaliste de Slate, d’affirmer que même les sources des ONG ne semblent pas suffire à convaincre Sophia Chikirou et qu’il « y a une différence fondamentale entre un doute raisonnable et une logique hypercritique qui n’est qu’un sophisme permettant d’entretenir la confusion sur des faits avérés. Celui du Média sur la Syrie s’apparente à la seconde catégorie »26.
En février 2018, la journaliste Aude Rossigneux limogée accuse Le Média d’une éviction et d’un management brutal27,28,29. En juillet 2018, un article de Médiapart décrit une situation de crise au Média où une pétition se montait contre Sophia Chikirou avant qu’elle démissionne, dénonçant ses méthodes managériales et son autoritarisme30,31.
Juste avant son départ du Média, Sophia Chikirou aurait procédé à deux paiements, pour plus de 130 000 euros, à sa propre société, Médiascop, révèle Mediapart, information reprise dans un article du Point32. Selon Mediapart : « Via sa société Mediascop, dont elle est l’unique actionnaire, la consultante Sophia Chikirou donnait des conseils à la présidente Sophia Chikirou »33. Des salariés anonymes du Média accusent Sophia Chikirou de facturer des « prestations sans réalité », et la nouvelle direction du Média, composée de Gérard Miller, Henri Poulain et Aude Lancelin, lui reproche de s’être rémunérée alors qu’elle se présentait comme bénévole. Face aux accusations de malversation, Sophia Chikirou se défend en affirmant qu’elle était bénévole en tant que présidente du Média mais rémunérée comme conseil en stratégie. Elle affirme que les accusations contre elle sont de la « calomnie pure » et annonce porter l’affaire devant le tribunal de grande instance et demander un audit pour prouver sa bonne gestion34,35.
